1997年、竜の子プロダクション（現・タツノコプロ）出身の監督真下耕一と制作出身の堀川憲司がプロダクション・アイジー（Production I.G）の出資を受けて設立した。 2004年、Production I.Gの保有株式をビィートレイン本体が買い取り、Production I.Gの持分法適用会社から外れた。 2009年から2010年にかけて、子会社として制作・作画を行う「シーステイション株式会社」を東京都国分寺市に、制作・デジタル撮影・ポストプロダクションを行う「デーステイション株式会社」を東京都杉並区に設立（後に武蔵野市吉祥寺南町へ移転）。 2012年、シーステイションとの資本提携を解消した。グループ化解消後、吉祥寺本町の本社と吉祥寺南町のスタジオで業務を行う。